C точки зрения физики процесса: положением пробки в головке тонко регулируется длина воздушного столба.
При этом относительное изменение эффективной длины для более высоких нот получается больше.
То есть при задвигании пробки третья октава повышается быстрее первой.
Для второй октавы этот эффект малоактуален, так как вторая октава берётся чистым передуванием: длина столба в первой и второй октаве одинакова. А третья октава имеет собственные аппликатуры, с более коротким столбом. Если брать третью октаву флажолетами - обертоновым передуванием, с аппликатурой нижних октав, то сравнение интонации флажолетных и основных аппликатур является эффективным методом настройки. Также как и на саксофоне. Только на саксофоне мы используем флажолеты для корректировки общей настройки и подбора мундштука. А на флейте интонационная корректировка верхнего регистра винтом головки это отдельная специальная операция. Общая настройка (положением головки) - это одно, а тонкая настройка верхнего регистра - это другая операция.
Простите, что повторяюсь и ломлюсь в открытую дверь, но мне показалось, что есть некоторое недопонимание именно этого аспекта.
Однако для ремонтника-универсала "по всем дер. дух." (не специализированного мастера по флейтам) имхо достаточно выставить пробку по метке на соответствующем шомполе. Не строить по октавам (первая/вторая) нормально сделанная флейта в первом приближении не может.